A Recopa Sul-America deixou de ser disputada após a edição de 1998/99. Como não havia mais Supercopa, a Copa Conmebol também deixaria de existir e as Copas Mercosul e Merconorte geravam campeões diferentes, ficou inviável a disputa. Isto foi até 2002, quando as "Mercos" foram reunidas na novíssima Copa Sul-Americana, que também trouxe de volta os critérios da Conmebol. Com a confederação tendo uma segunda competição clara novamente, a Recopa iniciou sua segunda era em 2003.
Na primeira edição do retorno, o Olimpia bateu o San Lorenzo em Los Angeles. Em 2004, o peruano Cienciano superou o Boca Juniors nos pênaltis em Fort Lauderdale. Em 2005, o Boca Juniors venceu contra o Once Caldas, quando a disputa passou a ser definitivamente em ida e volta. O Brasil voltou em 2006, mas o São Paulo perdeu a taça para o Boca Juniors.
O país só voltaria a vencer uma Recopa em 2007. O Internacional passava pelo melhor momento de sua história, era o campeão mundial e da Libertadores. Encarou na disputa o mexicano Pachuca, o único clube de fora da América do Sul a vencer um torneio 100% Conmebol (no caso, a Sul-Americana de 2006).
A ida do torneio foi jogada no Estádio Hidalgo, em Pachuca del Soto. O Colorado fez uma boa apresentação no México, saiu na frente com gol de Alexandre Pato, mas acabou sofrendo a virada faltando dez minutos para acabar. A derrota por 2 a 1 não foi o fim do mundo, levando em conta que existia a regra do gol fora de casa.
Na volta, mais de 46 mil colorados encheram o Beira-Rio na chuvosa noite de 7 de junho. E demorou 30 minutos de partida para que o Inter desmontasse a vantagem do Pachuca. Alex abriu o placar cobrando pênalti. Aos cinco minutos do segundo tempo, Pinga ampliou a contagem. Aos 19, Alexandre Pato fez o terceiro gol colorado. Tudo já era festa quando, aos 32 minutos, o zagueiro Aquivaldo Mosquera fechou o placar fazendo contra. Com os 4 a 0 no placar, o Internacional comemorou muito o título inédito da Recopa.
