Integrante da Libertadores, o Flamengo teve o direito de entrar na Copa do Brasil apenas na terceira fase. O primeiro adversário foi o Amazonas. A partida de ida foi realizada no Maracanã, com vitória rubro-negra por 1 a 0. O jogo de volta aconteceu na Arena da Amazônia, em Manaus, e outro 1 a 0 classificou a equipe carioca.
Nas oitavas de final, foi a vez de enfrentar o Palmeiras. O primeiro jogo voltou a acontecer no Rio de Janeiro, com os rubro-negros conseguindo vencer por 2 a 0. Na segunda partida, no Allianz Parque, o rival paulista conseguiu fazer 1 a 0, mas a vantagem flamenguista permitiu a classificação às quartas.
O próximo adversário do Flamengo foi o Bahia. A ida foi disputava em Salvador, na Fonte Nova, e o time rubro-negro abriu vantagem ao vencer por 1 a 0. A volta aconteceu no Maracanã, e o Fla conseguiu mais uma passagem de fase ao vencer pelo mesmo placar de 1 a 0.
O Flamengo chegou na semifinal com resultados econômicos e um futebol considerado fraco. Por isso, Tite foi demitido e trocado por Filipe Luís. Sua estreia foi contra o Corinthians, no Maracanã. O futebol melhorou, mas o placar continuou o mesmo: vitória por 1 a 0. Na volta, em São Paulo, o rubro-negro segurou o empate por 0 a 0.
A décima final do Flamengo na Copa do Brasil foi contra o Atlético-MG, que eliminou Sport, CRB, São Paulo e Vasco. A primeira partida aconteceu no Maracanã. Contra um adversário apagado, o Fla conseguiu seu melhor resultado no torneio justamente na decisão e venceu por 3 a 1. O segundo jogo foi na Arena MRV, em Belo Horizonte, e o rubro-negro ficou com o título ao vencer mais uma vez por 1 a 0, gols de Gonzalo Plata.