Mais uma edição da Copa do Brasil Feminina foi realizada em 2013, a sétima ao todo. Na temporada em questão, o torneio contou com 31 equipes, uma a menos que os anteriores devido à desistência do Sergipe. Fora de campo, a competição passou a ter a companhia do Campeonato Brasileiro, realizado pela primeira vez meses depois da decisão.
Ainda que com um time a menos, o formato mata-mata da Copa foi mantido, bem como a regra da vitória como visitante por três ou mais gols nas duas primeiras fases, que cancelava o jogo de volta.
O São José-SP chegou para o bicampeonato em 2013 como um dos clubes mais estruturados do futebol feminino no Brasil. A equipe também conquistaria o segundo título da Libertadores naquele ano e seria tri continental em 2014, sem contar os títulos paulistas obtidos no mesmo período. Tudo conquistado com base no entrosamento do elenco, que mudou pouco desde 2012.
A Águia do Vale estreou na primeira fase contra o Serra-MT, e a eliminou após vencer a ida por 3 a 1 fora de casa, e a volta por 5 a 0 em casa, no Martins Pereira. Nas oitavas de final, enfrentou o Cresspom. Com empate por 1 a 1 em Brasília e vitória por 4 a 0 em São José dos Campos, foi garantida a classificação para as quartas.
O adversário na próxima etapa foi o Duque de Caxias. No Rio de Janeiro, o São José venceu a ida por 3 a 2. Em casa, nova vitória por 4 a 2 colocou a Águia do Vale na etapa seguinte. A semifinal foi disputada contra o São Francisco-BA. No jogo de ida, em São José dos Campos, a equipe venceu por 3 a 0. Na volta, novo triunfo, por 3 a 2, fechando o confronto com a vaga na final.
Na decisão, o São José enfrentou o Vitória das Tabocas, que superou Cesmac-AL, Caucaia, Sport e Centro Olímpico. O primeiro jogo, disputado no Carneirão, em Vitória de Santo Antão, terminou empatado em 1 a 1. No segundo, jogado no Martins Pereira, a equipe venceu por 4 a 0 e confirmou o bicampeonato de modo invicto. Os gols foram marcados por Formiga, Priscila, Giovânia e Dani Silva.