Depois do caos que dividiu o futebol brasileiro em 1987, o ano de 1988 trouxe uma reorganização. A CBF e o Clube dos 13 estruturaram uma primeira divisão com 24 clubes, estabelecendo o sistema de rebaixamento e acesso. Logo abaixo, outros 24 times formaram a segunda divisão. Na base da pirâmide, 43 equipes deram vida à Série C, na terceira tentativa de se criar um torneio para o terceiro escalão.
O troféu daquela edição pioneira rumaria para o interior paulista, erguido pelo União São João de Araras, que tinha apenas sete anos de fundação, mas já integrava a elite do futebol paulista. Fundado em 1981, o União conquistou sua vaga na Série C de 1988 graças a uma sólida campanha no Paulistão. Na primeira fase, os participantes foram divididos em chaves regionalizadas. O Verdão de Araras foi alocado no Grupo 9, ao lado do Mogi Mirim e de dois mineiros: o Fabril e o Esportivo de Passos. A estreia da Ararinha ocorreu em solo mineiro, com uma vitória por 1 a 0 sobre o Esportivo.
Na sequência, o time bateu o Fabril por 2 a 0 e o Mogi Mirim por 3 a 1, ambos no Estádio Hermínio Ometto. No returno, o time perdeu por 1 a 0 para o Fabril, em Minas Gerais, e venceu pelo mesmo placar o Esportivo, em Araras. Na rodada final, após empatar sem gols com o Mogi Mirim, o União perdeu na disputa de pênaltis, dentro de uma regra imposta pela CBF, onde jogos empatados iam para as penalidades valendo um ponto extra. O time de Araras avançou na liderança do grupo, com 13 pontos.
Na segunda fase, o União enfrentou Brusque, Blumenau e Santo André. A caminhada começou com um empate por 1 a 1 e vitória nos pênaltis contra o Santo André, fora de casa. Na sequência, o time bateu o Blumenau fora por 1 a 0, goleou o Brusque em casa por 4 a 0, mas perdeu por 2 a 1 para o Blumenau em Araras e por 2 a 0 para o Brusque fora. A vaga na fase seguinte veio na última rodada, com uma vitória por 1 a 0 sobre o Santo André no Herminião. O União terminou empatado com o rival paulista com 11 pontos, oito gols marcados e três gols de saldo, mas na liderança graças ao confronto direto.
Na terceira fase, um triangular definiu os finalistas entre União, Marcílio Dias e Tiradentes-DF. Após estrear com um 0 a 0 seguido de revés nos pênaltis contra o Tiradentes, em Brasília, o Verdão se recuperou em casa ao vencer o Marcílio Dias por 1 a 0 e o próprio Tiradentes por 3 a 1. Apesar de perder para o Marcílio por 2 a 1 em Itajaí no último jogo, o União foi beneficiado na rodada de folga, com a vitória catarinense sobre os candangos. Os paulistas se garantiram na final com sete pontos.
A decisão reservou um reencontro com o Esportivo-MG, que passou por Botafogo-PB e Lagarto. Na ida, em Minas Gerais, o União empatou em 1 a 1. A volta aconteceu no Hermínio Ometto, também terminando empatada, em 2 a 2. A igualdade, porém, era favorável ao União São João, que ficou com o título da Série C de 1988, a maior glória de sua história até ali, oito anos antes da Série B em 1996.

