Após 1985, a segunda divisão passou por reformulações. Em 1986, a CBF transformou a competição no Torneio Paralelo, com 36 equipes divididas em quatro grupos. O regulamento previa que o líder de cada chave subiria para a fase final do Brasileirão ainda naquele ano, sem a proclamação de um campeão oficial. Todavia, Treze, Central, Inter de Limeira e Criciúma reivindicam o título daquela edição.
Em 1987, o conflito entre a Copa União (organizada pelo Clube dos 13) e o Módulo Amarelo (organizado pela CBF) tornou a divisão de acesso um tema complexo. Oficialmente, ambos os módulos representavam o primeiro nível, devendo os campeões e vices se cruzarem em um quadrangular final. Como o cruzamento não ocorreu, o Sport é reconhecido como o campeão brasileiro daquele ano.
Na prática da época, contudo, o Módulo Amarelo foi tratado por muitos como a Série B, com o título dividido entre Sport e Guarani. Abaixo deles, existiam os Módulos Azul e Branco, competições com status de terceira divisão. O Americano venceu o Azul e o Operário-MS o Branco.
Em 1988, o calendário começou a retornar aos eixos. A Série B ressurgiu sob o nome de Divisão Especial, com 24 clubes disputando duas vagas de acesso, enquanto os quatro piores da Série A seriam rebaixados. A competição foi montada com 22 times indicados ou convidados pelas federações.
A Inter de Limeira vivia um momento áureo, vinda do título paulista de 1986. Na primeira fase, a Veterana sobrou no Grupo E. Em dez rodadas, fez cinco vitórias, quatro empates e uma derrota, liderando com 22 pontos. O sistema de pontuação era peculiar: vitórias valiam três pontos e jogos empatados eram decididos nos pênaltis, rendendo dois pontos ao vencedor e um ao perdedor.
Na segunda fase, no Grupo H, contra Joinville, Avaí e Atlético-GO, a Inter liderou com 16 pontos em seis jogos, com quatro vitórias e um empate. Na terceira fase, Enfrentando Náutico, Valeriodoce e Operário-MS, a Veterana seguiu absoluta, somando 15 pontos, com quatro triunfos e dois empates.
Já em 1989, a disputa final pelo acesso envolveu Inter de Limeira, Náutico, Ponte Preta e Americano. Em uma briga ponto a ponto, a Inter venceu dois jogos, empatou três e perdeu um, garantiu a subida com 12 pontos, um à frente dos pernambucanos.
A final contra o Náutico foi disputada em partida única no Estádio Major Levy Sobrinho, em Limeira. Premiando a equipe de melhor campanha e maior regularidade, a Inter de Limeira venceu por 2 a 1, sagrando-se campeã da Série B de 1988.
