O auge e o fim de um domínio dentro da Copa Norte. A competição de 2001 sofreu mais uma alteração em seu regulamento. O números de participantes voltou a ser dez e a fase preliminar entre paraenses foi extinta. A fase de grupos foi reformulada, passando a contar com três chaves: uma com quatro equipes e duas com três.
O São Raimundo seguiu com o absoluto favoritismo ao título, embora o Paysandu já apresentasse crescimento naquele 2001, aparecendo no torneio como um potencial desafiante. O Tufão ficou no grupo A, em quadrangular com Genus, Rio Branco-AC e Atlético-RR. O começo foi com vitória, por 1 a 0 fora de casa sobre o adversário roraimense. Na sequência, dois empates e três vitórias colocaram o time com na liderança com 14 pontos, três a mais que os rondonienses do Genus. O líder de cada grupo e o melhor vice garantiram vaga na semifinal. E nesta fase o São Raimundo enfrentou novamente o clube de Rondônia. Na primeira fase, os resultados foram de 1 a 1 em casa e de 2 a 0 fora. Desta vez o Tufão encontrou mais facilidade: vitórias por 3 a 0 na ida, em Porto Velho, e por 4 a 0 na volta, em Manaus.
A final da Copa Norte foi entre São Raimundo e Paysandu, confirmando o favoritismo de início. A primeira partida aconteceu em Belém, e o time paraense impôs derrota por 1 a 0 aos amazonenses. A regra da melhor campanha foi mantida para 2001, e na segunda partida, no Vivaldão, o Tufão devolveu o placar, conquistando assim o tricampeonato e consolidando um grande momento da história do clube.
Na Copa dos Campeões, o São Raimundo foi eliminado para o Cruzeiro, nas quartas de final. Antes, na preliminar, o time ficou à frente de Sport e Goiás.