A última Copa da UEFA do milênio passado, em 1999, foi também a última antes da fusão com a Recopa, conforme a própria entidade já preparava desde algumas temporadas antes, com 104 participantes. E o título daquele ano voltou a ficar nas mãos de um clube da Itália, o Parma. A virada da década de 1990 para a de 2000 foi também o ponto final para o domínio italiano, que nunca mais chegaria à conquista da competição.
O gialloblù tinha um elenco invejável, do goleiro (Gianluigi Buffon) ao centroavante (Hernán Crespo), passando pela zaga (Fabio Cannavaro), laterais (Lilian Thuram) e meio-campo (Juan Sebastián Verón). Não devia nada para os gigantes da Europa. A campanha do Parma teve início contra o Fenerbahçe, o qual perdeu a ida por 1 a 0 na Turquia, e venceu a volta por 3 a 1 no Ennio Tardini.
Na segunda fase, o adversário foi o Wisla Cracóvia, da Polônia. O primeiro jogo foi fora de casa, e os italianos empataram por 1 a 1. A segunda partida foi na Itália, e o Parma conseguiu mais uma classificação ao vencer por 2 a 1. Nas oitavas de final, foi a vez de passar pelo Rangers. Na ida, empate por 1 a 1 na Escócia, em Glasgow. Na volta, vitória por 3 a 1 em casa.
Na quartas, o Parma enfrentou o Bordeaux. A primeira partida foi disputada no Parc Lescure. Mal, o gialloblù acabou derrotado por 2 a 1, com Hernán Crespo salvando o gol de honra no fim. O segundo jogo, porém, foi muito diferente. No Ennio Tardini, Crespo abriu o placar aos 37 minutos do primeiro tempo. Aos 43, Enrico Chiesa fez o segundo. Aos três da etapa final, Roberto Sensini anotou o terceiro. Aos 14, Chiesa fez o quarto. Aos 21, Crespo marcou o quinto. E aos 44, Abel Balbo fez 6 a 0.
Na semifinal, os italianos jogaram contra o Atlético de Madrid. A ida foi disputada no Vicente Calderón, mas o Parma não se importou com a pressão rival. Com dois gols de Chiesa e um de Crespo, o gialloblù venceu por 3 a 1 e encaminhou a vaga na final. A volta foi no Ennio Tardini, e bastou ganhar novamente, por 2 a 1, para o clube também conhecido como "crociati" (cruzados) chegar à decisão.
A final da Copa da UEFA de 1999 foi entre Parma e Olympique Marselha, que derrubou Sigma Olomouc (República Tcheca), Werder Bremen, Monaco, Celta de Vigo e Bologna. O palco da partida foi o russo Luzhniki, em Moscou. Em campo, o equilíbrio só durou 25 minutos, quando Crespo abriu o placar. Aos 36, Paolo Vanoli fez o segundo italiano. Aos dez do segundo tempo, Chiesa fez 3 a 0 e consumou o bicampeonato do Parma.