A Copa da UEFA teve aumento de participantes para 155, mas isso afetou somente a montagem das preliminares. O Sevilla iniciou a campanha do segundo título contra o Atromitos, da Grécia, na primeira fase. A classificação foi com vitórias por 2 a 1 em Atenas, e por 4 a 0 no Ramón Sánchez Pizjuán.
O time rojiblanco avançou para o grupo C da segunda fase, onde encarou Slovan Liberec, Braga, Grasshopper e AZ Alkmaar. Contra o tchecos, o início no empate por 0 a 0 fora de casa. A primeira vitória veio contra os portugueses, por 2 a 0 no Ramón Pizjuán. Depois, goleada por 4 a 0 sobre os suíços em plena Zurique. Na última partida, o Sevilla perdeu por 2 a 1 para os holandeses em casa, e encerrou na segunda posição, com sete pontos, três a menos que o próprio AZ e um a mais que o Braga.
Na terceira fase, os rojiblancos eliminaram o Steaua Bucareste ao derrotar 2 a 0 na Romênia, e por 1 a 0 no Ramón Pizjuán. Nas oitavas, o Sevilla enfrentou o Shakhtar Donetsk, que impôs muita dificuldade. A ida foi na Espanha, mas os andaluzes empataram por 2 a 2. Na Ucrânia, o time perdia até os 49 minutos do segundo tempo, quando houve um escanteio. O goleiro Andrés Palop subiu à área adversária para tentar algo. E a bola foi certa até ele, que de cabeça empatou num gol inesquecível. Na prorrogação, veio a virada por 3 a 2, no tento de Javier Chevantón.
Nas quartas de final, o Sevilla passou pelo Tottenham. Na ida, vitória por 2 a 1 no Ramón Pizjuán, de virada. Na volta, empate por 2 a 2 no White Hart Lane. Na semifinal, o adversário foi o conterrâneo Osasuna. O primeiro jogo foi em Pamplona, os rojiblancos perderam por 1 a 0 e ficaram novamente na pressão. A salvação foi brasileira na segunda partida, em casa. Luís Fabiano e Renato marcaram os gols da vitória por 2 a 0 que colocou o Sevilla na decisão.
Na final, o rival também foi local, o Espanyol, que eliminou Artmedia Petrzalka, Sparta Praga, Austria Viena, Livorno, Maccabi Haifa, Benfica e Werder Bremen. No Hampden Park, em Glasgow, o Sevilla abriu o placar com Adriano, mas levou o empate ainda no primeiro tempo. Kanouté fez o segundo gol na prorrogação, mas o adversário fez 2 a 2 a cinco minutos do fim e levou aos pênaltis, quando Palop brilhou novamente. O goleiro defendeu três cobranças, e o Sevilla venceu por 3 a 1.